Fundado en 1905, el AJ Auxerre comenzó siendo un club polideportivo.
El combinado debuta en 1980 en la Ligue 1, primera división francesa, consiguiendo su primer título importante en 1994, año en el que se alza con la Copa de Francia.
Entre sus grandes logros destaca la consecución de la Ligue 1 en la temporada 95-96, año en el que consigue el triplete con la Copa y la Supercopa de Francia.